Existen varias teorías sobre el origen del caserío:

Teoría de Eugenio Frankousky: Propone que el caserío se originó a partir de una casa similar a un hórreo, donde los espacios inferiores se cubrían para animales y un altillo se usaba para secar frutos.

Hipótesis de Alfredo Bauchlin: Sugiere viviendas del Jura y la casa portuguesa como predecesoras, aunque se considera poco probable.

Hipótesis alemana: Propone una imitación de las casas rurales de Suabia, pero su parecido es limitado, especialmente con los primeros caseríos de piedra del siglo XV, y más con los posteriores de entramado.

Hipótesis de hórreos y bordas: Defendida por Arin Dorronsoro, sugiere que el caserío modesto podría tener su origen en los hórreos y bordas de pastores, pero no explica el gran caserío de piedra labrada.

De la Casa-Torre al Caserío: Esta es la teoría más sólida. Propone que los primeros caseríos de piedra autosuficientes se inspiraron y, en muchos casos, evolucionaron directamente de las casas-torre de los banderizos. Estas casas-torre tardías (siglos XV-XVI) ya no tenían funciones militares, sino que se destinaban a la labranza y residencia de los señores, y contaban con la misma forma y calidad constructiva, gracias a los hábiles canteros vascos.